Segundo Pinho Leal, Fajão deriva etimologicamente de Fayão, vocábulo godo (nome próprio masculino). A antiga vila recebeu foral de D. Pedro Mendes, prior do Mosteiro de Folques, em junho de 1233, da qual foi senhorio o dito Mosteiro, dos Cónegos Regulares de Santo Agostinho, passando depois para o Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra. Foi sede de concelho, extinto por decreto de 24 de outubro de 1855, passando então para o da Pampilhosa da Serra. Em 1755, pertence à comarca de Coimbra, em 1809 à de Seia, mas em 1852 é integrada na de Arganil.