A primeira referência de S. João do Monte é datada de 1131, a 18 de julho, D. Afonso Henriques doa a “Villa” de S. João do Monte de Alcoba a Mestre Garino e seus freires. Em 1144 a povoação pertencia aos Cónegos do Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra. Em 1277, dá-se um conflito de posse entre o bispo de Viseu e o Mosteiro de Santa Cruz em Coimbra e as terras de S. João do Monte passaram a ser propriedade do bispo de Viseu.
Só a 6 de maio de 1514 é que foi concedida carta de foral pelo rei D. Manuel I a São João do Monte, passando a cabeça de concelho.
O município foi extinto em 1855, na sequência da reorganização administrativa do país. Após o crescimento S. João do Monte, em 1997, voltou a ser vila.