O Colégio de São Paulo Eremita de Coimbra era masculino e pertencia à Ordem dos Eremitas de São Paulo, Primeiro Eremita.
Foi fundado em consequência da Provisão do Desembargo do Paço, de 27 de setembro de 1779, através da qual se confirma ao reitor geral da Ordem a licença concedida por Provisão de D. João V, de 29 de outubro de 1745, para fundar um colégio universitário para religiosos da sua congregação. O edifício situava-se ao fundo da rua larga, próximo do Largo do Castelo.
O seu património foi enriquecido com a herança dos bens dos suprimidos mosteiros de Santa Cruz de Rio Mourinho, de Santa Margarida do Aivado de Évora e de São Julião de Alenquer, extintos em 1823.
No âmbito da "Reforma geral eclesiástica" de 1834, empreendida pelo ministro e secretário de Estado, Joaquim António de Aguiar, pelo Decreto de 30 de maio, foram extintos todos os colégios e, pela portaria de 27 de outubro de 1836, o colégio foi entregue à Universidade de Coimbra.